ワタミ子会社が賃金未払い、アルバイト200人に総額1200万円支払い
勤務時間を１分単位で記録せずに３０分単位などで端数を切り捨て、賃金の一部が未払い

時間外労働は、１分単位で計算しなければなりません、３０分未満など単位で切り捨てるなどは本来は認められません。
ただし厚生労働省は、賃金計算で１ヶ月のトータルから３０分未満は切り捨て、３０分以上は切り上げるというのであれば違法としないとしています。

１日単位での端数処理(切り捨て)による積み上げと、月単位での合計による端数処理では、当然、金額に差が出ます。※未払い賃金の時効は２年です。
上記は時間外労働でしたが、遅刻の場合に１５分単位で切り上げされていることがあるかと思います。この場合、就業規則に遅刻によるペナルティとして、１５分未満は１５分とするような規定がなされているのであれば、この場合は問題ないと思われます。

時間外労働に入る前に休憩時間が３０分ある場合が存在します、休憩時間の長さについては、８時間を超える場合には少なくとも６０分の休憩が必要であると規定されています。
６０分を超える休憩というのは特に問題はないですが、休憩時間が長ければ拘束時間が長くなるわけです、休憩時間といいながら仕事をしている方が多いと思われるので、会社側としたら残業賃金を減らすいい規則といった感じを私は受けますね。

年俸制であっても時間外の割増賃金の取扱いについても何ら変わるところはありません。
賃金は月払いの原則がありますので、毎月の労働時間を計算し、時間外労働が生じたならば、年俸とは別に時間外手当を支給しなければなりません。
ただし、時間外労働が毎月ほぼ一定している場合には、あらかじめ割増賃金を年俸に固定残業代として含めて支給することは認められます。

つまり想定していた残業時間以上に残業をさせた場合には、超過分については残業代支払の義務があります。

１０年間泥のように働きなさいという前に、ＩＴ業界の労働環境をまず見直すべきかと思います。
残業を減らす努力と、鬱病になる前のケアをしていなかないと人材はそっぽ向いたままです。
１０年間泥のように働くという意味はいいですが、働かされるのはまっぴらごめんです。